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Définitions d'une souche, d'un taxon, d'un type et d'une espèce bactérienne
L'annexe 2 de l'arrêté du 20 avril 2007 relatif aux études vétérinaires stipule que soit envisagé la définition d'une espèce bactérienne ainsi que les notions de type et de souches. Ce fichier s'efforce de répondre à ces exigences. De plus, il donne la définition d'un taxon sans laquelle la notion de type ne peut être envisagée.
Définition d'une souche
Une souche bactérienne est constituée par une succession de cultures dérivées d'une culture pure (le plus souvent une colonie parfaitement isolée).
Définition d'un taxon
Un taxon (ou unité taxonomique ou groupe taxonomique) est un groupe d'organismes apparentés appartenant à l'un des rangs hiérarchiques réglementés ou non réglementés par le Code de Nomenclature (voir tableau I). Une espèce, un genre, une famille, un ordre ou une classe (rangs hiérachiques réglementés par le Code), mais aussi un sérovar, un phylum ou un règne (catégories non couvertes par les règles du Code) sont des taxons.
Un taxon comprend ses taxons subordonnés et leurs individus. Ainsi, la famille des Leptospiraceae comprend les genres Leptospira, Leptonema et Turneriella ainsi que les espèces incluses dans ces genres ainsi que les souches constituant ces espèces.
Notion de nomenclature type ou type Pour chaque taxon dont la nomenclature est régie par le Code de Nomenclature un des éléments du taxon doit être désigné comme étant la nomenclature type (voir tableau I). Lorsque le taxon ne comprend qu'un seul élément, celui-ci devient, automatiquement, la nomenclature type.
La nomenclature type est l'élément auquel le nom d'un taxon est attaché d'une manière permanente. Le nom du taxon doit être changé si la nomenclature type est exclue du taxon. Ainsi, si un auteur admet que l'espèce type du genre Beneckea (Beneckea campbellii) appartient au genre Vibrio (Vibrio campbellii comb. nov.) il ne doit plus utiliser la nomenclature de Beneckea et il doit considérer que toutes les espèces de ce genre appartiennent au genre Vibrio ou, éventuellement, à un autre genre.
Contrairement à une idée répandue, la nomenclature type n'est pas nécessairement l'élément le plus typique ou le plus représentatif d'un taxon. La notion de souche type est particulièrement importante en bactériologie. Lorsqu'une espèce ou une sous-espèce est décrite sur la base d'une unique souche, cette souche devient automatiquement la souche type (monotypie). Si la proposition d'une nouvelle espèce ou d'une nouvelle sous-espèce repose sur l'étude de plusieurs souches, la souche type est la souche désignée comme telle par les auteurs à l'origine de la proposition. D'après Brenner et al., les auteurs désignent souvent comme souche type la première souche isolée.
Définition d'une espèce bactérienne
L'espèce constitue l'unité de base ou le maillon essentiel de la classification bactérienne. La définition classique d'une espèce biologique (communauté d'êtres vivants reconnaissables par leurs caractères et capables de se reproduire sexuellement entre eux en donnant naissance à une progéniture fertile) n'est pas applicable aux procaryotes. Les critères morphologiques, parfois utilisés dans la définition d'une espèce chez les eucaryotes, ont également peu d'intérêt du fait de la simplicité morphologique des bactéries.
En bactériologie, une espèce est constituée par sa souche type et par l'ensemble des souches considérées comme suffisamment proches de la souche type pour être incluses au sein de la même espèce. Les critères permettant d'apprécier la parenté de différentes souches sont variables selon les bactériologistes si bien qu'il n'existe aucune définition, universellement admise, de l'espèce bactérienne. Toutefois, des comités internationaux ont été chargés de proposer une définition de l'espèce. Selon ces comités, une espèce est définie génétiquement (genomospecies) comme l'ensemble des souches présentant avec la souche type des relations ADN-ADN qui se traduisent par des valeurs d'hybridation supérieures ou égales à 70 p. cent. Les hybridations ADN-ADN sont de réalisation délicate si bien que d'autres techniques peuvent être utilisées à condition que les résultats obtenus soient comparables à ceux des hybridations ADN-ADN. Le séquençage des gènes codant pour les ARNr 16S est facile à réaliser et il est très utilisé en bactériologie. Lorsque les séquences des ARNr 16S de deux souches présentent moins de 97 p. cent de similitude, ces souches appartiennent à des espèces différentes. En revanche si le pourcentage de similitude est supérieur à 97, il est impossible de conclure et le recours aux hybridations ADN-ADN demeure nécessaire. Lorsqu'une genomospecies a été individualisée, il est possible de rechercher des caractères phénotypiques permettant de la distinguer des autres genomospecies. Si la genomospecies peut être identifiée par ses caractères phénotypiques, elle reçoit un nom et elle devient une espèce. En revanche, si aucun caractère phénotypique ne permet d'identifier facilement la genomospecies, elle demeure innomée.
Cette définition de l'espèce bactérienne est beaucoup plus large que celle utilisée pour les organismes eucaryotes. Ainsi, si la définition d'une espèce bactérienne était appliquée aux mammifères, l'homme et le chimpanzé constitueraient une unique espèce (pourcentage d'hybridation ADN-ADN de 98,4) et il en irait de même pour l'homme et les lémuriens (pourcentage d'hybridation ADN-ADN de 78).
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